ちょと、っていうかかなりはまってしまったので備忘録としてメモ。
指定されたディレクトリ以下のものをファイルを含めて全て削除する。

    import java.io.*;
    public void removeWebDirectory(String directory) throws FileNotFoundException{
        File cur_dir = new File(directory);
        fileDelete(cur_dir);
    }

    /**
     * ディレクトリの循環する再帰処理
     *
     */
    public void fileDelete(File file) throws FileNotFoundException{
        if(file.isDirectory()){
            File[] list = file.listFiles();
            for(int i = 0; i < list.length; i++){
                fileDelete(list[i]);
            }
        }
        file.delete();   
    }

簡単そうだけど結構はまりました。