Titanium Mobileはapp.jsというファイルのひたすらコードを記述していきます。
ただあまりにコードが長くなるのでちゃんとファイルを分割する手法もあり。

★1．ファイルをincludeする（ファイル分割）
単純に別jsファイルを記述してapp.jsに埋め込む手法。
例えばapp.jsと同一階層に[include]とうディレクトリを設置してそこにhoge.jsというファイルを設置。

//////app.js内の記述///////
Titanium.include('./include/hoge.js');

/////////////////////////
でOK。hoge.js

★2.Titanium.UI.createWindowのurlに処理ファイルを指定
1画面を構成するWindow単位で処理を記述。Tabと連携するときなどに便利。
例えばapp.jsと同一階層に[include]とうディレクトリを設置してそこにwin1.jsというファイルを設置。

//////app.js内の記述///////
var win1 = Titanium.UI.createWindow({
    title:'ウインドウ名',
    backgroundColor:'#fff',
    url:'./include/win1.js' //@see include/win1.js
});
/////////////////////////

//////win1.js内の記述///////
var win = Titanium.UI.createWindow;    //***【重要】実体をセット

/****以下処理を記述*****/

/////////////////////////

以上、それぞれの方法が存在する。ただし、ファイル分割に際し「コンテキスト」っていう概念があるらしいので詳細は次回